Евангелско Конгрешанската (Соборната) Црква на овие простории за прв пат се појавува со почетокот на мисијата на Конгрешанските (Соборните) цркви од Америка во 1860 година. Во 1886 година е формирана првата Конгрешанска црква и мисиска станица во Битола. Таа црква / мисиска станица е „одговорна“ и а основање на евангелските – протестантски цркви во Албанија. Потоа се формирани уште 16 цркви во денешна Македонија (во струмичкиот крај, Кавадарци, Дојран итн.) Црквата функционира сѐ до 1922 година, период во кој биле започнати и одржувани 28 црковни заедништва, две мисионерски станици, две школи (првото школо за девојки во Турската Империја во Битола, како и школо за Земјоделие и Трговија во Солун во кое учат и многу македонски деца – сираци по Илинденското востание). Поради политички причини – поделбата на Македонија, во 1922 година, на соборните цркви им било забрането да работат, заради стравот на Кралска Југославија дека црквата би била фактор што ќе продолжи да ги поврзува трите дела на Македонија по што официјално престанало функционирањето на Конгрешанските (Соборните) цркви во нашата земја.
Евнгелска Конгрешанска Црква има долга историја во Р. Македонија, прекината еден период на време заради политичките констелации. Во 1987 година, група верни христијани започнаа да се собираат во приватни домови со цел да се молат и да имаат заедништво. На овие состаноци тие повикуваа свои пријатели, соседи и роднини за да им се придружат во овие активности. Откако групата порасна, се јави потреба истата не само да прерасне во независна црква, туку и да стане дел од поголемо тело на цркви – црковни организации во светот. Благодарение на остварени контакти со цркви и организации надвор од Македонија, оваа група во април 1988 год. контактираше со двајца високи претставници од Светскиот Сојуз на Евангелско Конгрешански Цркви со цел да се возобноват врските со црквата која постоеше во Р. Македонија сѐ до 1920 година.
По двегодишен период на молитва и контакти со Сојузот, на 13 мај 1990 година, во домот на еден од членовите на црквата во Скопје, се одржа основачки состанок на кој беше изгласана согласност да станеме дел од Конгрешанската (Соборната) деноминација и со тоа да ја продолжиме соборната (конгрешанска) традиција во РМ прекината заради поделбата на Македонија. Подоцна, по подготовката и прифаќањето на статутот и уставот на Евангелско Конгрешанска (Соборна) Црква во Македонија, оваа група верници успеа да се регистрира како официјална црква во Р. Македонија.